但是，就在这之后不久，石达开却独自率领20万大军出走天京，与洪秀全分手，最后在大渡河全军覆灭，他本人亦惨遭清军骆秉章凌迟。石达开出走和失败的历史是鲁莽行动的体现，足以使后人深思。
1857年6月2日，石达开率部由天京雨花台向安庆进军，出走的原因据石达开的布告中说，因“圣君”不明，即责怪洪秀全用频繁的诏旨来牵制他的行动，并对他“重重生疑虑”，以致发展到有加害石达开之意，这使二人之间的矛盾达到了白热化。
出于气愤，石达开决定脱离洪秀全，率部出走。这样既可继续打着太平天国的旗号，进行推翻清朝的活动，又可以避开和洪秀全的矛盾。而石达开率大军到安庆后，如果按照他原来“分而不裂”的初衷，本可以此作为根据地，向周围扩充。安庆离南京不远，还可以互为声援，减轻清军对天京的压力，又不失去石达开在天京军民心目中的地位。这是石达开完全可以做到的。但是，石达开却没有这样做，而是决心和洪秀全分道扬镳，彻底分裂，舍近求远，去四川自立门户。