阎被救出后，清军将他带到刘良佐面前，刘良佐原本踞坐于乾明佛殿前，见阎带到，立即一跃而起，双手拍打着阎的肩膀号哭不止——这个细节让我们意识到，即便刘良佐这种匆匆投敌的原本负有守土之责的高级将领，哪怕在投敌事仇之后，有时候仍然未免有些人性的流露。阎应元说：哭什么？事已至此，我只有一死，快杀了我吧。刘良佐虽与阎应元有交情，似乎也有些同情阎应元，但以他的身份和地位也只能号哭一番罢了。当天晚上，阎应元在江阴城内栖霞庵遇害。他带来的四十个家丁，此时已只剩十余人，悉数被俘，无一肯降，同时遇害，跳湖救阎应元的陆正先也同夜罹难。
文质彬彬的陈明遇没法像阎应元那样指挥突围，城破之日，他从容地命令家人闭门举火，全家老小四十三人全部烧死。烧死家人后，他手持兵刃，独自在街头与清兵巷战，身负重创后犹自握刀僵立，死于乱军之中。