康熙四年(1665)三月二十六日，施琅再率舟师征台，中途又因南风阻滞，不能前行，于海上稽留三天两夜，暂返料罗(金门岛上)。之后，一直风势不顺，骤起东南风，施琅一直在金门躲避风浪。
四月十六日，天时晴霁，施琅再次进师台湾。次日船队驶入澎湖口，突遇狂风大作，骤雨倾注，怒涛山高，云雾迷漫，施琅速令放炮，收兵返航。但船队在汪洋大海中，遭受巨浪凌空拍击，人仰船倾，大小各船或有船舷、船首、船尾、船面、船底等被狂澜拍击而散裂进水，一瞬间，偌大船棕任凭风浪四处漂流，直漂至大担、语屿、厦门、镇海、靖卫、漳浦、潮州等地。施琅所乘战船漂流到广东潮州府表尾后，急速驶抵南澳，于铜山、陆鳌等处沿海，收拢漂散各船，直至二十六日才返回厦门。
台湾远隔大洋，孤悬海外，清军三次出征，都为风浪所阻，无功而返，这无疑地引起了清廷对继续征剿台湾的疑虑。加之长期的国内战争又导致民生凋敝，库帑困乏，为了医治战争创伤，清廷也需要获得喘息的时机，休养生息。而内部因鳌拜专权与激烈的派系斗争，更需大力整顿，以稳定政局。由此，清政府对统一台湾的策略就由军事征剿转变为和平谈判。在郑氏一方，由于台湾正处在新开发时期，百业待兴，急需赢得时间，从事和平建设，增强实力，以待东山再起。这样，清廷、郑经之间就出现了和平共处的短暂时期。