唐景崧对外称“台湾民主国总统”，对内则仍称“抚台”。总统之下设立内务、外务和军务三个衙门，任命俞明震为内务大臣、陈季同为外务大臣、李秉瑞为军务大臣，诸大臣对内则称“督办”。其余地方民事，仍由府、厅、县照旧办理。此外，还设立了议院，推举台湾首富大仆寺卿林维源为议长。但林维源辞不就任，仅推举了数名议员。众人又推举台湾军务帮办刘永福为大将军、丘逢甲为台湾义军统领。台湾民主国的成立，完全是台湾广大绅民在清政府弃台不顾的情况下，为了保卫台湾不被日本侵占而采取的保卫祖国领土完整的一种特殊的民间抗日举措，是为保台而建立的抗日救亡政权，并非是要脱离中国而“独立”。
清政府割台时，台湾的守军有100余营，4万余人，团练义军共3万余人。饷银器械方面，除藩库存银40万两外，署两江总督张之洞奏拨100万两，士绅林维源捐助100万两，向民间借了20万两，其他富商巨室也捐助了一部分。库存炮药土药有4万多磅，各炮台储有一定火药。毛瑟枪弹有280多万发。但在台湾的防务上仍呈现出不利形势。唐景崧出于个人猜忌以及守军内部不和，将刘永福所率黑旗军调往台南，道员林朝栋所部10营调往台中，而以临时招募的广勇驻守台北，削弱了台北的防务。清廷更是谕令在台官员限期内渡，福建水师提督杨岐珍、台湾镇总兵万国本及统兵官廖得胜、余致廷等先后率部退回大陆，致使清军营数大为减少。