由于徐霞客久涉瘴疠之地，加之长年奔波于旅途中，饮食粗陋，身体已积劳成疾。到鸡足山后，他的脸上、四肢都发起了疹块，皮肤红肿，左耳和左脚不时有瘙痒之感。
起初，他以为是身上长了虱子、跳蚤之类，后来才知道，由于长期在潮湿多雨的环境中行走，已染上了严重的风湿病。刚开始，服一些汤药，再勤泡温泉浴，能有些好转。
可是后来情况越来越严重，居然发展成双脚失去知觉，连平常行走都十分艰难。在鸡足山居住的后期，他只能足不出户，整日在悉檀寺北楼伏案写作。
这一年的九月初，也是在徐霞客上山后，常年跟随他的仆人顾行偷走他的钱物后逃跑了。顾行一直追随徐霞客左右，不离不弃。这一次突然逃跑大概是因为思乡情切，无法遏制了。
寺内僧人提出要帮他去追赶，徐霞客没有应允。不管怎样，追随多年的老仆突然在万里之外的异乡撇下自己而去，还是让年老体衰的徐霞客悲苦万端。
之后的日子里，徐霞客的身体状况一天天恶化，归乡之意也越来越迫切。崇祯十三年（1640 年）正月，丽江土司木增命八个纳西壮汉用滑竿送徐霞客返乡。当徐霞客向悉檀寺众僧告别时，全寺僧人在山门排成长队挥泪相送。
崇祯十三年夏天，徐霞客回到老家后，由于身体原因，相当长一段时间都不能会客。每天卧床休息，这对于他这样一个游遍天下的大旅行家来说，应该是相当痛苦的一件事吧？